По мере того, как персонаж набирает опыт, он может приобретать различные капитанские навыки (Captain Skill). В описании почти любого капитанского навыка присутствует надпись вроде “(2% + [Science/3])” или “(5% + [Weapon + Tactical]/2)”. Weapon, Science и Tactical – три базовых навыка (Basic Skill). Все три, по большому счёту, являются переменными в расчёте эффекта тех или иных капитанских навыков. Некоторые из них, такие как Artillery или Dynamics, никак не зависят от базовых навыков и просто добавляют постоянный бонус.

Пример: Overload увеличивает урон от эффектов (Effect Damage) на (5% + [Weapon + Science]/2). При 14 Weapon и 8 Science покупка Overload увеличит урон, наносимый системами 2,3 и 4 на (5 + [14+8]/2) % = 16%.

Повышение базовых навыков

Персонаж 1-го уровня уже имеет 6 очков базовых навыков, распределённых между Weapon, Science и Tactical в зависимости от его расы (подробнее об этом - ниже) и одним очком, которое можно потратить сразу. Далее персонаж будет получать по одному очку базовых навыков каждые 3 уровня. Чтобы повысить базовый навык, нужно кликнуть на его иконку в окне информации о капитане (иконка в левом нижнем углу экрана или клавиша C). Кроме того, базовые навыки растут вместе с уровнем, даже если совсем не тратить очков, выдаваемых каждые 3 уровня  (как именно, тоже зависит от расы).
Каждая раса, кроме Terran, специализируется на каком-либо базовом навыке: Drakken и Nomad – на Weapon, Vorgan и Scarab – на Science, Eldred – на Tactical. Terran не отдают предпочтение какому-то конкретному базовому навыку, развиваясь одинаково во всех из них.

Автоматический рост базовых навыков происходит следующим образом:

Terran
- Стартовые значения: 2 2 2 (соответственно Weapon, Science и Tactical)
- Каждые 5 уровней: +1 к Weapon, Science и  Tactical (уровни 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40)
- Значения к 40-му уровню: 10 10 10 (даже если вы не вложили за всё время ни одного очка в базовые навыки, на 40-м уровне они будут составлять 10 Weapon, 10 Science и 10 Tactical)

Drakken
- Стартовые значения: 3 1 2
- Каждые 4 уровня: +1 к Weapon (ур. 4, 8, 12,..., 36, 40)
- Каждые 5 уровней: +1 к Tactical (ур. 5, 10, 15, ..., 35, 40)
- Каждые 6 уровней: +1 к Science (ур. 6, 12, 18, 24, 30, 36)
- Значения к 40-му уровню: 13 7 10

Vorgan
- Стартовые значения: 1 4 1
- Каждые 3 уровня, начиная с ур. 3: +1 к Science (ур. 3, 6, 9,..., 36, 39)
- Каждые 6 уровней, начиная с ур. 6: +1 к Weapon и Tactical (ур. 6, 12, 18, 24, 30, 36)
- Значения к 40-му уровню: 7 17 7

Nomad
- Стартовые значения: 4 1 1
- Каждые 3 уровня, начиная с ур. 3: +1 к Weapon (ур. 3, 6, 9,..., 36, 39)
- Каждые 6 уровней, начиная с ур. 6: +1 к Science и Tactical (ур. 6, 12, 18, 24, 30, 36)
- Значения к 40-му уровню: 17 7 7

Eldred
- Стартовые значения: 2 1 3
- Каждые 4 уровня: +1 к Tactical (ур. 4, 8, 12,..., 36, 40)
- Каждые 5 уровней: +1 к Weapon (ур. 5, 10, 15, ..., 35, 40)
- Каждые 6 уровней: +1 к Science (ур. 6, 12, 18, 24, 30, 36)
- Значения к 40-му уровню: 10 7 13

Scarab
- Стартовые значения: 2 3 1
- Каждые 4 уровня: +1 к Science (ур. 4, 8, 12,..., 36, 40)
- Каждые 5 уровней: +1 к Weapon (ур. 5, 10, 15, ..., 35, 40)
- Каждые 6 уровней: +1 к Tactical (ур. 6, 12, 18, 24, 30, 36)
- Значения к 40-му уровню: 10 13 7

Стоит помнить, что специализация расы на каком-то базовом навыке не означает, что все свободные очки нужно вкладывать именно в него. Всё зависит от корабля, стиля игры  и, самое главное, выбранных капитанских навыков. Здесь существует два основных подхода: либо всеми путями увеличивать «родной» базовый навык и подбирать под него капитанские навыки, либо наоборот, сначала выбрать, что именно выучит ваш капитан, а потом уже рассчитывать, как следует распределить базовые навыки.

Существует также ещё один способ поднять базовый навык, а именно нанимая некоторые команды и прокачивая их до максимального уровня:
Gunner 10-го уровня даёт +3 к Weapon
Researcher 10-го уровня даёт +3 к Science
Rogue 10-го уровня даёт +3 к Tactical

Влияние базовых навыков

Также считается, что базовые навыки сами по себе тоже имеют какие-то косвенные эффекты на поведение корабля. Официально по этому поводу ничего сказано не было, однако экспериментальным путём было установлено, что высокие значения Science укорачивают длительность таких статусов, как Disabled, Immobilized, Slow и Hyperspaced (последний не имеет своей иконки, но этот статус заметен и без иконки: когда ваш корабль выбрасывают в гиперпространство, он просто исчезает с экрана). Это соответствует описанию, которое можно прочесть в игре, наведя курсор на иконку Science. По аналогии с этим можно предположить, что корабль с хорошо прокачанным Weapon может быть менее подвержен таким статусам, как –Attack Rate и Cannot use effects. Согласно описанию, высокий Tactical должен спасать от пожаров на корабле, отражать нападения абордажных групп и сопротивляться попыткам противника мгновенно уничтожить ваш корабль. Пока что ни одной из вышеперечисленных фич в игре нет, но полагают, что чем выше Tactical, тем больше шанс сократить время действия статуса Disintegration.

Перераспределение базовых навыков

Базовые навыки можно в любой момент перераспределить, посетив Science Center в Allied Command и купив Reeducate (2000 Influence). Это обнулит все свободные очки базовых навыков (и только их – те, что были подняты автоматически, останутся на своих местах), а заодно и все капитанские навыки.